Vyhledávání

Databáze stáží

Kraj Obor

1.007 Velká síla malých RNA

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Mgr. Adriana Roithová
INSTITUCE: Ústav molekulární genetiky
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: RNA neboli ribonukleová kyselina je podobně jako DNA či bílkoviny jednou z klíčových složek živých organizmů. V posledních letech se ukazuje, že neslouží pouze jako přenašeč informace mezi DNA a bílkovinou, ale plní mnoho dalších důležitých funkcí (regulační, imunitní, strukturní či jako katalyzátor různých reakcí). V tomto projektu se zaměříme na malé jaderné RNA (snRNA z angl. small nuclear RNA), které plní nepostradatelnou úlohu při procesu zvaném RNA sestřih, který je nezbytným krokem při vzniku bílkovin. Budeme snRNA studovat během buněčného cyklu a analyzovat, co se stane s buňkou v přítomnosti nefunkčních snRNA. V projektu budeme používat standardní metody v molekulární biologii (PCR, gelová elektroforéza, klonování, izolace RNA, in vitro transkripce, synchronizace buněk …) společně s různými technikami barvení buněk a značení snRNA, které do buněk vpravíme například pomocí mikroinjekce. Pro jejich lokalizaci v buňce budeme používat různé typy vysoce kvalitních fluorescenčních mikroskopů.

1.013 Život skokanů v neprobádaných lokalitách jižní Evropy

Biologie Středočeský kraj

LEKTOR STÁŽE: Mgr. Marie Doležálková, PhD.
INSTITUCE: Ústav živočišné fyziologie a genetiky
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Hybridní obratlovci si v poslední době získali značnou pozornost a jsou skvělým modelem studia reprodukčních strategií, které se liší od klasického sexuálního rozmnožování. Jednou z nich je takzvaná hemiklonální reprodukce, během níž jedinci vytváří haploidní klonální gamety nesoucí pouze jeden rodičovský genom. Obratlovci schopni tvorby klonálních gamet vyměnili sexuální rozmnožování na rozmnožování asexuální. Tento fenomén nacházíme u modelové skupiny obratlovců, kterými se naše laboratoř zabývá, a to hybridních obojživelníků rodu Pelophylax. V oblasti střední Evropy jsou známy dvě formy hybridů, a to P. kl grafi a P. kl esculentus. Společným rodičem obou hybridních forem je skokan skřehotavý P. ridibundus, jehož areál pokrývá téměř celou Evropu (vyjma Portugalska, Španělska a severských států). Pokud žije na lokalitě s jiným příbuzným druhem rodu Pelophylax, dochází k mezidruhovému křížení a vzniku zmíněných hybridů. Populace skokanů jižní Evropy nebyly dosud geneticky testovány. My máme však k dispozici několik desítek jedinců, které jsme získali provzorkováním populací v Albánii a Chorvatsku a podle primární morfologické determinace předpokládáme výskyt více taxonů a také potenciálně nové hybridní formy. Během stáže se zaměříme na taxonomické zařazení vodních skokanů Albánských populací a na studium populačně-genetické variability jedinců porovnáním s jinými skokany z Evropských populací. Genetický profil potenciálních hybridů porovnáme s profilem klonálně přenášených genomů hybridních skokanů střední Evropy a tím odhadneme původ a příbuznost albánských skokanů.

1.018 Transport rostlinného hormonu auxinu prostřednictvím nitrátového přenašeče NRT1.1

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Bc. Ing. Klára Hoyerová, PhD.
INSTITUCE: Ústav experimentální botaniky
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Dusík představuje zásadní prvek minerální výživy rostlin. Jeho nedostatek se projevuje téměř okamžitě zpomalováním růstu stonků a listů a dále zpomalením syntézy chlorofylu a žloutnutím listů. Z půdního roztoku je dusík příjímán především ve formě nitrátu, který je prostřednictvím specifických přenašečů transportován přes plazmatickou membránu do buněk kořenů. Kolísání množství dusíku v půdě je rostlina přizpůsobena a v případě nízkých koncentrací nitrátu v půdě se do transportu zapojuje tzv.vysokoafinitní systém; naopak při nadbytku nitrátu se aktivuje nízkoafinitní systém. Rostlina je tak schopna efektivně reagovat na momentální dostupnost dusíku. V nedávné době byl identifikován přenašeč NRT1.1, který však kromě nitrátu dokáže přenášet do buňky i rostlinný hormon auxin, zodpovědný za růst a vývoj rostlin. Student bude zapojen do projektu, který má za cíl popsat substrátovou specifitu NRT1.1 a charakterizovat regulační mechanismus transportu auxinu v závislosti na dostupnosti nitrátu na buněčné úrovni. K tomu budou použity transgenní buněčné linie tabáku s mutovanou formou NRT1.1, která se nachází ve fosforylovaném nebo nefosforylovaném stavu a tak stimuluje nízkoafinitní nebo vysokoafinitní systém příjmu nitrátu. Zjištěné mechanizmy transportu auxinu v závislosti na dostupnosti nitrátu budou dále ověřeny na úrovni celé rostliny a zhodnoceny z hlediska růstu a vývoje kořenů. Projekt by měl přispět k poznání, jakým způsobem se rostlina přizpůsobuje měnící se dostupnosti základní živiny dusíku a jakou regulační úlohu v tomto mechanizmu má transport auxinu.

1.022 Vliv přípravku APIALGAPROTEIN na celkový zdravotní stav včely medonosné

Biologie Jihočeský kraj

LEKTOR STÁŽE: Ing. Václav Krištůfek, CSc.
INSTITUCE: Biologické centrum
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Prohloubit dosud námi získané poznatky o pozitivním vlivu nově vyvinutého přírodního bílkovinného potravního doplňku APIALGAPROTEIN na zdravotní stav včely medonosné. Identifikovat látky z řasy, které inhibují původce moru včelího plodu (MVP) a detekovat jejich účinek in vivo/in vitro na larvách vystavených tlaku původce MVP.
POZNÁMKA: Stáž vhodná pro zájemce včelaře/včelařku z českobudějovicka, práce v terénu i laboratoři, možnost zapojit vlastni včelstva do experimentů.

1.025 Hormonální kontrola trávení u hmyzu

Biologie Jihočeský kraj

LEKTOR STÁŽE: Prof. RNDr. Dalibor Kodrík, CSc.
INSTITUCE: Biologické centrum
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Enzymatická výbava hmyzího střeva odpovídá spektru přijímané potravy, nicméně principy činnosti přítomných enzymů jsou obecně platné pro celou živočišnou říši včetně člověka. Hmyz tedy může sloužit jako dobrý modelový organismus pro studium principů trávení obecně. Projekt se zabývá charakterizací trávících enzymů střeva u švába amerického Periplaneta americana a studiem podmínek, které trávení potravy ovlivňují. Aktivita uvedených enzymů bude ovlivňována jedem z parazitické vosičky Habrobracon hebetor, přičemž bude sledována obranná reakce řízená tzv. adipokinetickými hormony. Jde o skupinu stresových hormonů udržujících homeostázu v hmyzím těle - jejich zapojení do kontroly trávení i do stimulace trávicích procesu bylo nedávno prokázáno u několika druhů hmyzu včetně zmíněného švába.

1.026 Mikrobiom zažívacího traktu lenochodů

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: RNDr. Kateřina Fliegerová, CSc.
INSTITUCE: Ústav živočišné fyziologie a genetiky
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Studium mikrobiální diversity trusu lenochodů chovaných v zajetí metodou NGS (next generation sequencing)

1.049 Sledování růstu a chování buněk hladkého svalu aorty ve statickém a dynamickém systému.

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: RNDr Jana Musílková, CSc
INSTITUCE: Fyziologický ústav
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: V projektu budeme kultivovat buňky hladkého svalu aorty v podmínkách in vitro co nejbližších přirozenému prostředí, v dynamickém systému. Budeme sledovat jejich růst a chování, hodnotit jejich adhezi k podkladu, růst, morfologické změny a vývoj cytoskeletonu. Růst a chování buněk budeme sledovat pomocí fluorescenčního barvení a snímání fluorescenčním mikroskopem. Student bude seznámen s metodikou pěstování buněk in vitro, s metodami fluorescenčního barvení, fluorescenční mikroskopie a s vyhodnocovacími metodami.

1.057 Rostlinné viry nejen jako fytopatogeni

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Ing. Jakub Dušek
INSTITUCE: Ústav experimentální botaniky
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Rostlinné viry jsou vnitrobuněční parazité. Pokud infikují rostlinu, způsobují virové onemocnění, které může rostlinu značně poškodit, nebo i zahubit. V naší laboratoři ale na tyto viry pohlížíme z jiného hlediska. S jejich pomocí můžeme v rostlinách produkovat pro člověka významné proteiny. Mezi ně například patří protilátky, které se mohou využít jako vakcíny proti některým onemocněním, třeba proti vzteklině. Pomocí technik genového inženýrství můžeme viry označit fluorescenčními proteiny, díky kterým můžeme sledovat zasažená místa a postup infekce rostlinou. Během této stáže se student seznámí s postupem konstrukce nového virového vektoru označeného fluorescenčním proteinem, agroinfiltrací rostlin (infiltrace rostlin virovým vektorem pomocí bakterie Agrobacterium tumefaciens), sledováním šíření infekce pomocí fluorescenční mikroskopie a měřením úrovně fluorescence pomocí přístrojové techniky. Student se také naučí analyzovat data, prezentovat získané výsledky a tvorbu posteru na dané téma.

1.062 Jak se rostliny připravují na jaro?

Biologie Jihočeský kraj

LEKTOR STÁŽE: Dr. Jitka Klimešová
INSTITUCE: Botanický ústav
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Rostliny v sezónním klimatu se obvykle už na podzim připravují na jarní růst: u některých druhů najdeme uschované v přezimovacích pupenech celé prýty na příští rok, včetně květenství. Cílem projektu bude porovnat připravenost pupenů časných a pozdních bylinných lesních druhů a odpovědět na otázku, jestli připravenost pupnů koreluje s rychlostí růstu na jaře.

1.064 Litter decomposition and the build-up of soil organic matter

Biologie Jihočeský kraj

LEKTOR STÁŽE: Dr. Gerrit Angst
INSTITUCE: Biologické centrum
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 10
ANOTACE: Litter (dead plant material) represents one of the main sources for organic carbon in soil. However, the link between its decomposition and the build-up of carbon reservoirs in the soil is still not well understood. In the current project, we will focus on litter decomposition as affected by various environmental conditions. The main aim will be to determine differences in respiration of litter decomposing within various soil types. Measurements of respiration represent one of the best possibilities to investigate the litter decomposition process. This project is relevant for gaining new insights into soil fertility related processes and the mitigation of global climate change. Supervision will be provided in English.

1.068 Mikrobiom trávicího traktu člověka

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Mgr. Dagmar Damašková
INSTITUCE: Ústav živočišné fyziologie a genetiky
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Trávicí trakt lidí obsahuje velké množství mikroorganizmů, které jsou neoddělitelnou součástí svého hostitele. Změny mikrobiomu jsou spojené s celou řadou nemocí (Crohnova choroba, diabetes, celiakie, nádorová onemocnění,…). K tomu, abychom mohli tyto změny studovat, potřebujeme dobře definovanou kontrolní skupinu. Předmětem stáže bude tedy studium stability mikrobiálního ekosystému u zdravé populace. Student se seznámí se základními technikami molekulárně genetických metod používaných v přírodních vědách, jako jsou izolace DNA, elektroforetické metody, amplifikace genů pomocí PCR, sekvenování DNA, včetně souvisejících bioinformatických analýz.

1.071 Proteinové inženýrství

Biologie Středočeský kraj

LEKTOR STÁŽE: doc. Ing. Bohdan Schneider, DSc.
INSTITUCE: Biotechnologický ústav
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 16
ANOTACE: Student se naučí základy přípravy a charakterizace proteinů a měření jejich interakcí s vazebnými partnery. Seznámí se s moderním zařízením molekulárně biologické a biochemické laboratoře, se špičkovými přístroji na biofyzikální charakterizace vlastností proteinů a krystalografické stanovení jejich struktury.
POZNÁMKA: Výzkum v laboratoři je multidisciplinární, používáme techniky molekulární biologie, biochemie, biofyziky, bioinformatiky i molekulárního modelování

1.074 Jak nanomateriál interaguje s živou buňkou?

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: RNDr. Veronika Benson, Ph.D.
INSTITUCE: Mikrobiologický ústav
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: V současné době se často hovoří o využití nanomateriálů v biomedicíně. Nanomateriál, ať už nanočástice nebo nanostrukturované povrchy interagují různým způsobem s živými systémy. Tyto interakce zatím nejsou dobře popsány, protože velmi závisí na parametrech prostředí a na vlastnostech daného nanomateriálu. Nicméně znalost těchto interakcí je klíčová pro úspěšné využití nanomateriálů v praxi a omezení nežádoucích vedlejších účinků. Stážista se zaměří na nanomateriál odvozený z diamantu a bude sledovat jeho interakci s různými typy buněk metodami molekulární a buněčné biologie.

1.077 Regulace objemu astrocytů v průběhu stárnutí

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Mgr. Denisa Koleničová
INSTITUCE: Ústav experimentální medicíny
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 16
ANOTACE: Astrocyty jsou nejpočetnějším buněčným typem v savčí centrální nervové soustavě (CNS), v lidském mozku jich je zhruba 1.4x více než neuronů (Nedergaard et al. 2003). Cílem projektu je identifikovat změny, k nimž dochází u astrocytů v průběhu stárnutí s využitím 3D-konfokální morfometrie a imunohistochemie.

1.078 Diferenciační potenciál NG2 glií po ischemickém poškození mozku

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Mgr. Ján Kriška
INSTITUCE: Ústav experimentální medicíny
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 16
ANOTACE: NG2 glie (nazývané také polydendrocyty) představují čtvrtý typ gliových buněk centrální nervové soustavy, který se liší od oligodendrocytů, astrocytů a mikroglií. NG2 glie mohou být identifikovány na základě elektrofyziologických vlastností nebo exprese specifických antigenů a růstových faktorů. V dospělém mozku hrají důležitou úlohu v diferenciaci do jiných buněčných typů a to jak za fyziologických podmínek, tak i po ischemickém poškození. Cílem této stáže bude zhodnotit diferenciační potenciál NG2 glií po lokální mozkové ischemii. Pro tento účel budou použity transgenní myší kmeny a k identifikaci a charakterizaci buněk diferencovaných z NG2 glií bude použita imunocytochemická analýza a metoda terčíkového zámku (patch-clamp).

1.080 Profilování genové exprese na úrovni jednotlivých buněk

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Ing. Lukáš Valihrach, Phd.
INSTITUCE: Biotechnologický ústav
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Účastník stáže bude mít možnost se seznámit s nejmodernějšími přístupy analýzy RNA pomocí techniky reverzní transkripce kvantitativní PCR a sekvenování nové generace aplikované na vzorky obsahující více buněk, tak buňku jedinou (tzv. single cell profilování). Tyto techniky budou účastníkem aplikovány v projektech zaměřených na objasnění mechanismů mozkové ischemie či Alzheimerovy choroby za využití myšího modelu.

1.082 Study of immunity in the tumor microenvironment

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Dr Luca Vannucci
INSTITUCE: Mikrobiologický ústav
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Evaluation of tumor microenvironment structures in relation to local immunological changes and new interventions with nanoparticles and immunomodulators.

1.087 Odhaľ mechanizmus vzniku Huntingtonovej choroby

Biologie Středočeský kraj

LEKTOR STÁŽE: Mgr. Michaela Vaškovičová
INSTITUCE: Ústav živočišné fyziologie a genetiky
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Huntingtonova choroba je neurodegeneratívne dedičné ochorenie a medzi príznaky patria mimovoľné trhavé pohyby rôznych častí tela, zmeny osobnosti, zníženie mentálnych schopností, postupná strata vôle a v ďalších štádiách až demencia. K prepuknutiu choroby väčšinou dochádza okolo 40 roku života, trvá približne 15 rokov a do dnešného dňa neexistuje účinná liečba. Huntingtonova choroba je spôsobená genetickou mutáciou, ale presný mechanizmus pôsobenia mutovaného proteínu huntingtín v bunkách nie je známy. Preto sa v tomto projekte zameriame na sledovanie zmien v odpovedi na poškodenie DNA, ktoré by mohli prispievať k vzniku Huntingtonovej choroby. V primárnych kožných fibroblastoch vyizolovaných z miniprasacieho modelu Huntingtonovej choroby umelo vytvoríme dvoj-reťazcové zlomy DNA a pomocou konfokálneho mikroskopu budeme pozorovať kinetiku opravy DNA. Študent sa v tomto projekte zoznámi s kultivovaním primárnych fibroblastov, imunofluorescenčným značením, konfokálnou mikroskopiou ale aj ďalšími metódami molekulárnej biológie, napríklad s izoláciou genomickej DNA, PCR a gélovou elektroforézou.

1.088 studium rozsivek v archeologických vzorcích a ve vzorcích odebraných z epifytonu

Biologie Jihomoravský kraj

LEKTOR STÁŽE: Mgr. Markéta Fránková, Ph.D.
INSTITUCE: Botanický ústav
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 8
ANOTACE: Ke studiu rozsivek nabízím tři témata: 1) studium rozsivek ve vzorcích odebraných na archeologické lokalitě ve Francii 2) studium rozsivek u epifytonu rybníka Dehtář 3) studium rozsivek z mechorostů z vrchovišť Československa a porovnání jejich druchového složení se společenstvy rozsivek z mechových herbářových položek sebraných před padesáti lety, z čehož lze usuzovat na změnu prostředí za tu dobu.

1.089 Dokáží se ptáci naučit čichat specifické látky?

Biologie Jihočeský kraj

LEKTOR STÁŽE: Mgr. Kateřina Sam, Ph.D.
INSTITUCE: Biologické centrum
DOBA TRVÁNÍ: 12 měsíců
POČET HODIN STÁŽE ZA MĚSÍC: 12
ANOTACE: Během svého výzkumu jsme zjistili, že ptáci dokáží čichat specifické látky, které je upozorní na přítomnost potravy. Některé z těchto látek se nám povedlo identifikovat. Během pokusů jsme narazili na to, že ptáci kteří byli ručně odchovaní, a neměli předešlou zkušenost z přírody, nebyli schopni na tyto látky reagovat. Ve stáži kterou nabízíme, by si student odchoval mláďátka sýkorek a podrobil je pokusům ve volierách, při kterých by studoval jejich schopnost hledat potravu za využití čichu. Zároveň by se v laboratoři na plynovém chromatografu naučil analyzovat složení pachů. Poslední součástí projektu by pak byla práce se speciální kamerou simulující pro ptáky viditelné spektrum.

 

předchozí123456další